Le Contrat Territorial des bassins versants du layon et de l'Aubance a été signé le 24 juin 2011 au Domaine de Terrebrune à Notre-Dame-d'Allençon.

Les enjeux identifiés par le SAGE sont de trois ordres : qualité de l'eau, en particulier sur le volet phytosanitaire, milieu, avec la question des zones humides et de la continuité écologique, et quantité. La Directive Cadre sur l'eau (DCE) est par ailleurs venue renforcée la nécessité d'accélérer les actions.

Dans ce contexte, le Syndicat a lancé en 2009 l'élaboration d'un nouveau programme d'actions qui concerne les collectivités, les particuliers, les industriels, les agriculteurs et les viticulteurs. Ce programme d'actions est financé par un Contrat Territorial de 5 ans porté par le Syndicat Mixte du Bassin du Layon en partenariat avec l'Agence de l'Eau Loire Bretagne, le Syndicat Mixte du bassin de l'Aubance, la Chambre d'Agriculture et le Conseil Général de Maine et Loire et l'Université d'Angers.

De nombreux projets liés à l'eau bénéficient ainsi de financements dans le cadre du Contrat Territorial 2011 - 2015 bassins versants du Layon et de l'Aubance.