Le bassin versant de l’Ognon couvre un territoire de 2300 km² portant sur 4 départements (Haute Saône, Doubs, Jura, et Cote d’Or) et deux régions administratives.

Ce bassin versant, drainé par un linéaire de 900 km de cours d’eau, dont 215 km pour la seule rivière Ognon, est un territoire à forts enjeux qui a fait l’objet, au cours de ces dernières décennies, de différents programmes d’intervention dans l’objectif d’améliorer la qualité des eaux, la gestion des conditions d’écoulement et la préservation des milieux aquatiques.

Les objectifs stratégiques adoptés par le comité de rivière se déclinent ainsi en trois axes majeurs :

• Atteindre une bonne qualité des eaux superficielles et souterraines en ciblant les points noirs à résorber pour les pollutions issues des rejets domestiques, industriels et agricoles,


• Préserver et améliorer les fonctionnalités naturelles des sous-bassins et des milieux aquatiques (fonctionnalité morphologique, transport sédimentaire, continuité biologique...),


• Informer et mobiliser les acteurs pour pérenniser la gestion globale  de l’eau et des milieux aquatiques sur le bassin versant






 
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Un premier contrat de rivière a porté sur les 312 communes du bassin versant, entre 2005 et 2009. Il a permis d’engager près de 230 opérations représentant 32 millions d’euros pour l’amélioration globale de l’état et du fonctionnement du bassin versant.

Les résultats obtenus lors de ce contrat ainsi que la dynamique qui s’est engagée à l’échelle de l’ensemble du territoire ont conduit les collectivités et le comité de rivière à poursuivre la démarche contractuelle dans le cadre d’une nouvelle procédure s’appuyant notamment sur les nouvelles exigences réglementaires résultant de la Directive Européenne sur l’Eau pour atteindre le bon état des masses d’eau et du Grenelle de l’Environnement.

L'Ognon est un affluent rive gauche de la Saône. Il prend sa source sur la commune de Château-Lambert (70) à 904 m d'altitude et conflue avec la Saône à Perrigny-sur-l'Ognon (21), à 185 m d'altitude après un parcours de 215 km, selon une pente moyenne de 3,3%.

L’Ognon constitue la limite départementale entre le Doubs et la Haute-Saône sur environ 112 km. La largeur moyenne de ce bassin versant très allongé est de 17 km, pour une longueur de 120 km, sa plus grande largeur étant de 27 km. Cette conformation est imposée par la position charnière que la rivière occupe entre diverses unités structurales spécifiques. Le long de son tracé, l’Ognon reçoit l’apport de nombreux affluents dont le linéaire cumulé représente environ 700 km.

Ce territoire, très marqué par le développement de nouvelles infrastructures avec notamment les travaux liés à la création de la LGV qui sera mise en service en décembre 2011, est confronté à d’importantes pressions, qu’elles soient d’origine agricole, industrielles ou urbaine.

Le contrat est étudié et mis en œuvre sous l’autorité du comité de rivière avec l’appui de l’EPTB Saône et Doubs dans le cadre d’un partenariat étroit avec les syndicats de rivière locaux, l’Agence de l’eau, les services de l’Etat, les Collectivités et acteurs concernés.

Le premier contrat s'est achevé en 2010. Le dossier sommaire du second contrat a été présenté au comité d'agrément le 24 février 2012. le comité de rivière a été constitué par arrêté le 17 mai 2013.

La commission des aides de l'Agence de l'eau a validé le projet de contrat le 25 juin 2015. La signature a eu lieu le 25 septembre 2015 à Boulot.

Un avenant au contrat de rivière Ognon a été signé le 19 novembre 2021 pour la période 2021-2023.