Le territoire couvre une superficie de 5080 km², dont 1042 km² pour les communes riveraines de la Saône et 4038 km² pour les communes des bassins versants des petits affluents, soit 589 communes au total.

Ce territoire intercepte 5 régions administratives (Lorraine, Champagne-Ardennes, Franche-Comté, Bourgogne, Rhône-Alpes) et 8 départements (Vosges, Haute-Marne, Haute-Saône, Jura, Côte-d’Or, Saône-et-Loire, Ain et Rhône).

Le réseau hydrographique comprend la Saône elle-même dans son intégralité (soit 482 km de sa source à Vioménil dans les Vosges à sa confluence avec le Rhône à Lyon), ainsi que 48 petits affluents et leur chevelu (soit 1047 km linéaires).

• Reconquérir la qualité des eaux et préserver les ressources stratégiques
• Réhabiliter les milieux naturels et préserver la biodiversité
• Prendre en compte le risque inondation dans l’aménagement du territoire et réduire l’impact des crues
• Renforcer l’identité et accompagner le développement du Val de Saône
• Améliorer la connaissance de la Saône et des affluents orphelins
• Organiser la gestion du territoirre

Depuis la fin du Contrat de Vallée Inondable de la Saône, qui avait permis d’engager plus de 500 opérations pour 78 millions d’euros entre 2004 et 2009, l’EPTB Saône et Doubs travaille avec ses partenaires à l’élaboration d’un nouveau contrat, sur le Val de Saône élargi à ses petits affluents dépourvus de procédure de gestion.

Le territoire est caractérisé par :

• d’importantes ressources en eau souterraine (nappe alluviale de la Saône), permettant d’alimenter près de 900.000 personnes de la vallée et de ses abords grâce à 390 captages d’eau potable,
• une forte inondabilité du fond de vallée, sur près de 100 000 hectares pour les crues les plus importantes de la Saône,
• des ressources naturelles et patrimoniales de premier ordre au sein d’un corridor écologique reconnu à l’échelle nationale et européenne : présence d’habitats naturels (prairies, zones humides, bras morts...) et d’espèces remarquables ou d’intérêt communautaire (Râle des Genêts, Courlis cendré, Fritilaire pintade...).

Le Val de Saône, dans son sens large, est un territoire aux enjeux considérables, au sein duquel doivent être conciliés développement et aménagement du territoire d’une part et préservation des ressources naturelles d’autre part.

Le Val de Saône est notamment marqué par :

• un développement urbain qui s’accroît vers le Sud de la vallée, pour se concentrer principalement entre Chalon-sur-Saône et Lyon,
• de nombreuses activités économiques : industries et commerce, activités agricoles, transport fluvial et tourisme lié à la voie d’eau,

Ce territoire est caractérisé par :

• une population de 1.092.000 habitants,
• une Communauté Urbaine : le Grand Lyon,
• 5 Communautés d’Agglomération : Chalon-sur-Saône, Mâcon, Villefranche-sur-Saône ainsi que Beaune et Dole dans une moindre mesure,
• 61 Communautés de Communes,
• 17 Syndicats de Rivières,
• 76 Syndicats d’Adduction d’Eau Potable,
• 31 Syndicats d’Assainissement.

Le 8 juillet 2011, l'EPTB Saône et Doubs a présenté le projet de contrat Saône, corridor alluvial et territoires associés devant le Comité d'agrément des contrats de rivière du Comité de Bassin Rhône-Méditerranée. Le Comité de Bassin s'est prononcé favorablement pour la poursuite de l'élaboration du contrat de rivière. La réunion d'installation du comité de rivière a eu lieu en octobre 2014.

La validation du projet de contrat a eu lieu le 04 décembre 2014. La signature effective a été formalisée le 22 juin 2016.

Un avenant a été signé en novembre 2020 avec un engagement sur la période 2020-2021.

L'avenant de prolongation a permis de finaliser les actions engagées, mais aussi l’intégration d’actions permettant au Contrat de rivière d’être cohérent et surtout fédérateur, riche de l’appui technique de l’EPTB et de l’engagement financier respectif de chaque organisme partenaire.

Le contrat est achevé.

Un nouveau contrat a été signé pour la période 2022-2024.

La signature du contrat Saône 2022-2024 s'est déroulé le 30 novembre 2022.