Contrat de rivière de la vallée du Doubs s’étend de la frontière Suisse (Bremoncourt, 25) jusqu’à la Bresse jurassienne, en passant par la bordure jurassienne et la plaine du finage. Il comprend trois grandes agglomérations : Montbéliard (25), Besançon (25) et Dole (39).

Au total, 5 sous-bassins versants étaient initialement, identifiés dans le cadre du Schéma Directeur et d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE) Rhône-Méditerranée, sont concernés par la démarche : le Doubs médian, le Doubs moyen, la basse vallée du Doubs, la Clauge et la Guyotte. 34 très petits cours d’eau (TPCE) étaient également recensés portant le total à 39 masses d’eau superficielles concernées.

Suite au bilan à mi-parcours, deux nouveaux sous-bassin versants ont été associés : le Cusancin et l'Orain.

Au regard de l’occupation du sol et des caractéristiques physiques des différents sous bassins versants, les enjeux identifiés lors de l’élaboration du dossier sommaire de contrat de rivière de la vallée du Doubs sont très différents entre la partie amont et la partie avale du territoire.

Le Doubs de la frontière Suisse à Bremoncourt (25) jusqu’à sa confluence avec la Saône à Verdun sur le Doubs (21) était encore récemment un territoire orphelin de toute démarche de gestion des milieux aquatiques (Contrat de rivière, SAGE ...).

Depuis 2010, l’EPTB Saône et Doubs a réalisé un important diagnostic des cours d’eau qui a abouti à l’élaboration d’un premier programme d’actions présenté aux partenaires fin 2011. Suite à cela, le comité de pilotage a décidé d’orienter la démarche vers un Contrat de rivière.

Le Doubs médian s’étend sur 60 km de linéaire. A l’amont, la vallée, peu aménagée, présente un caractère rural marqué. A l’aval de Pont-de-Roide, la plaine alluviale s’élargit, le Doubs traverse une partie de l’agglomération de Montbéliard, territoire aux caractères urbanisé et industriel.

Les zones humides liées au Doubs, intéressantes pour le fonctionnement écologique de la rivière, sont naturellement peu présentes à l’amont en lien avec l’encaissement marqué de la vallée, et ont été nettement dégradées (voir détruites) à l’aval. En revanche, la forêt alluviale est encore bien présente, même si elle a disparu dans certains secteurs. A noter que les espèces exotiques envahissantes sont présentes sur plusieurs tronçons et plus particulièrement la balsamine de l’Himalaya.

• Presque 1000 km de cours d’eau
• 1 Région : Bourgogne Franche Comté
• 3 départements : le Doubs, le Jura et la Saône et Loire
• 426 communes, 9 communautés de communes, 3 agglomérations

Le premier semestre de l’année 2012 a été consacré à l’élaboration du dossier sommaire de candidature par l’EPTB Saône et Doubs. Ce dernier a reçu un avis favorable du comité d’agrément de l’Agence de l’eau en Octobre 2012. En 2013 a débuté l'élaboration du dossier définitif. La signature du contrat de rivière a eu lieu le 7 juillet 2014 à Fraisans.

Suite au bilan à mi-parcours réalisé en 2017-2018, un nouveau programme d'actions a été construit pour la période 2019-202, et a fait l'objet d'un avenant au Contrat, signé le 24 octobre 2019 à Montbéliard. Le Contrat a été prolongé d'un an, et le territoire étendu à deux nouveaux sous-bassins versants.

Le contrat s'est achevé fin 2022. Une étude bilan est en cours sur 2023-2024 avec une réflexion sur un potentiel futur contrat à compter de 2025.