Les lacs du massif Jurassien constituent des milieux aquatiques et humides d’exception emblématiques des paysages de la moyenne montagne jurassienne.  Ils hébergent une grande biodiversité et ce sont également des ressources en eau potable, ou encore des sites touristiques et récréatifs. Initialement oligotrophes à mésotrophes, ils subissent, à des degrés divers, une eutrophisation accélérée et une modification de leur fonctionnement sous les effets conjugués des activités humaines locales (agriculture, urbanisation …) et des changements globaux (climat…), avec pour conséquences une remise en cause possible des biens et services écosystémiques associés.

Par conséquent, de nombreuses structures (syndicats, fédérations de pêches, conservatoires, laboratoires de recherche…) mènent des suivis scientifiques et techniques et réalisent des études diagnostiques sur ces lacs.