Les comités de bassin et les conseils d'administration des agences de l'eau ont adopté en cette fin d'année 2012 les 10èmes programmes d'intervention des agences de l'eau pour les six prochaines années (2013-2018). Ces programmes issus d'une large concertation entre les différentes catégories d'usagers représentés au sein des comités de bassin, répondent aux orientations nationales fixées par le ministère de l'écologie qui assure la tutelle des agences de l'eau.
Dans un contexte de maîtrise des dépenses publiques, les agences de l'eau conduiront des interventions plus ciblées pour l'atteinte du bon état des milieux aquatiques et la protection des ressources en eau, avec une recherche d'optimisation de leurs aides, conformément aux enjeux identifiés en application de la directive cadre sur l'eau par les plans de gestion des eaux dans les grands bassins hydrographiques français, les SDAGE, qui priorisent les interventions territoriales des agences de l'eau.