En 2012, une étude sur la façade méditerranéenne a été menée par la DREAL Languedoc-Roussillon et suivie par le Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN) et le Pôle-relais lagunes méditerranéennes. Cette étude a permis de fournir un état des lieux des connaissances de l'habitat "Lagunes côtières" à l'échelle de la région méditerranéenne et d'utiliser l'expérience locale pour alimenter le travail mené par le MNHN.

En effet, une première version d'un guide d'application permettant une aide à la mise en place de la méthode pour évaluer l'état de conservation de l'habitat "Lagunes côtières" par les opérateurs de sites Natura 2000 et gestionnaires des espaces naturels vient d'être publiée.

La méthode proposée dans ce guide se veut pratique et accessible au plus grand nombre. De surcroît, cette première version de la méthode vise à être améliorée dans le temps. Elle peut notamment se développer grâce à l'augmentation des données disponibles, aux retours d’expérience des gestionnaires et aux avancées dans le domaine de l’écologie de la conservation.