L'Allaine, en confluent avec la Bourbeuse, forme l'Allan, qui se jette par la suite dans le Doubs, au sud de Montbéliard. D'une superficie de 310 km², le bassin versant se localise pour trois quarts (235 km²) en territoire suisse dans le Canton du Jura et pour un quart (75 km²) en France sur le département du Territoire de Belfort. Compte tenu de la nature karstique d'une partie du territoire, le bassin hydrogéologique est plus étendu que le bassin topographique. Toutefois, les limites sont parfaitement déterminées, grâce, notamment, à l'étude des aquifères karstiques et poreux d'Ajoie (Gretillat, 1998) et à de nombreux traçages.

• Amélioration de la qualité des eaux et lutte contre les toxiques


• Préservation et amélioration de la ressource en eau potable


• Préservation, reconquête et mise en valeur des milieux aquatiques


• Amélioration de la culture du risque naturel d'inondation


• Amélioration des connaissances et communication (enjeu transversal)

• Amélioration de la qualité des eaux et lutte contre les toxiques


• Préservation et amélioration de la ressource en eau potable


• Préservation, reconquête et mise en valeur des milieux aquatiques


• Amélioration de la culture du risque naturel d'inondation


• Amélioration des connaissances et communication (enjeu transversal)

La volonté de réhabiliter les cours d'eau du bassin franco-suisse est venue, progressivement, sous l'impulsion des acteurs du bassin versant. La réalisation, d'une part, d'un stage à la Région Franche-Comté en 2001, et d'autre part, d'études des populations piscicoles et écomorphologiques suisses par la Fédération Cantonale des Pêcheurs Jurassiens avec l'appui financier et technique du Canton du Jura ont mis en évidence des dégradations notables de la qualité physico-chimique des eaux et de la morphologie des cours d'eau du bassin de l'Allaine. Les déficits alors constatés sur l'Allaine et ses affluents a donc incité l'Office de l'environnement et le Conseil régional de Franche-Comté à étudier la faisabilité d'un contrat de rivière sur le bassin, avec l'objectif de s'engager dans un projet de préservation et restauration de l'Allaine franco-suisse.

Le bassin s'étend sur tout ou partie de 46 communes pour une population totale d'environ 37 000 habitants, soit une densité moyenne assez élevée de 120 hab/km². Cependant, il existe des disparités au sein du territoire. Quatorze communes constituent la partie française et abritent une population d'environ 15 000 habitants. La densité moyenne est de 200 hab/km². Les villes de l'axe Delle-Morvillars concentrent la majeure partie de la population, ainsi que l'activité commerciale et industrielle. En amont, le territoire helvétique est constitué de 26 communes (et très partiellement 6 autres communes), et totalise 22 000 habitants, pour une densité moyenne de population de 93 hab/km². Porrentruy et sa couronne accueillent l'essentiel des habitants. L'activité agricole est fortement présente sur le bassin de l'Allaine, notamment dans la partie suisse avec la pratique d'une agriculture classique (élevage et grandes cultures). L'industrie représente, en France comme en Suisse, un maillon essentiel de l'économie locale. Le secteur d'activité est dirigé vers le travail des métaux, l'horlogerie et la fabrication de machines et équipements, en relation avec le pôle industriel de l'aire urbaine Belfort - Montbéliard.

S'il convient de souligner le rôle déterminant joué par la Région Franche-Comté pour initier la démarche, l'instrument « Contrat de rivière », spécifiquement français, exige un portage du dossier par une structure locale. Dans ce contexte, la Communauté de Communes du Sud Territoire (CCST), qui regroupe 11 des 14 communes du bassin français, est apparu comme l'acteur local le plus concerné et a donc manifesté son intérêt pour assurer une telle responsabilité. Pour donner une véritable dimension franco-suisse au dossier, elle a trouvé un partenariat avec les autorités compétences du Canton du Jura, représentées par le Département de l'environnement et de l'équipement (DEE). La Communauté de Communes est donc définie comme le porteur français de l'élaboration et de la mise en oeuvre du contrat. Elle veille à l'harmonisation du contrat de rivière, au travers du Comité de rivière, en relation avec les différents maîtres d'ouvrage (Communes, Conseil Général, ...) et en partenariat avec les autorités compétences du Canton du Jura.

Le Contrat de rivière est arrivé à mi-parcours au 31 décembre 2012. Le bilan à mi-parcours a été validé par le Comité de pilotage le 4 juin 2013, puis par le le Comité de rivière le 26 juin 2013, avant d'être présenté à la MISEN et au Comité d'Agrément de l'Agence de l'eau Rhône Méditerranée Corse le 03 octobre 2013.

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• CSD

• Agence de l'eau RM et C


• Conseil régional de Franche-Comté 


• République et Canton du Jura