Le Contrat de Baie de la métropole marseillaise est né d’une ambition forte des acteurs locaux : améliorer la qualité des eaux de baignade et des milieux littoraux. La communauté urbaine Marseille Provence Métropole (CUMPM) et la Ville de Marseille se sont associées pour lancer cette démarche volontariste, conscientes que les solutions à mettre en oeuvre sont avant tout d’échelle locale. Afin d’engager cette démarche, une délibération a été prise par le Conseil municipal de la Ville de Marseille le 6 décembre 2010 puis par le Conseil communautaire le 13 février 2012.

Le comité d'agrément du bassin Rhône-Méditerranée a émis un avis favorable sur dossier préalable le 05 décembre 2012. Le contrat a été approuvé en comité d'agrément le 12 juin 2015. Sa signature a été effectuée le 29 octobre 2015.