La pointe Bretagne, de par sa situation, occupe une place de première importance pour nombre de poissons migrateurs. De nombreux cours d'eau du pays Bigouden et du Cap Sizun sont reconnus comme prioritaires pour les poissons amphihalins, poissons qui accomplissent une partie de leur cycle de vie alternativement en eau douce et en eau salée. La libre circulation entre ces milieux est vitale pour ces espèces.
La continuité écologique, pour les milieux aquatiques, se définit par la libre circulation des espèces et le bon déroulement du transport des sédiments.
Afin d'approfondir la connaissance des cours d'eau de son territoire, Ouest Cornouaille Eau a réalisé un diagnostic de la continuité écologique de 12 estuaires. Il s'agit des exutoires du Laoual, et des étangs de Trunvel/Kergalan et de St Vio, du ruisseau de Penmarc'h, de l'embouchure du ruisseau du Loc'h, du ruisseau de Léchiagat, de la Virgule, du ruisseau de Tréméoc, de l'estuaire du Goyen, du Ster, la rivière de Pont L'Abbé et le Tréméoc.