Des problématiques liées à l'eau existent sur l'aval de l'Adour. Elles sont nombreuses et variées, comme sur l'ensemble des territoires, du fait que l'eau et les milieux aquatiques sont utilisés pour de nombreux usages et sont donc potentiellement l'objet de nombreuses menaces et dégradations. Elles peuvent être globales au territoire ou plus spécifiques pour chaque secteur. Dans tous les cas les enjeux de l'eau sont à la fois économiques, écologiques mais aussi tout simplement vitaux donc incontournables. 

Le SDAGE Adour Garonne mentionne la nécessité de faire émerger un SAGE sur le secteur Adour aval d'ici à 2015.