Un ou plusieurs vice-présidents doivent être désignés par la CLE avec au minimum un vice-président du collège des élus (R212-30 CE). S’il existe plusieurs vice-présidents, alors l’un d’eux peut être issu du collège des usagers. Ils peuvent, si les règles de fonctionnement le prévoient, remplacer le président empêché ou démis. Il est fortement conseillé d’anticiper ces situations dans les règles de fonctionnement pour éviter les périodes sans décision possible de la CLE (notamment émission des avis sur les dossiers loi sur l’eau).
Il est possible, selon l’organisation de la CLE, de prévoir un vice-président par commission géographique par exemple.
Il est pertinent d’élire le/les vice-président(s) par vote de l’intégralité de la CLE, ces modalités sont à préciser dans les règles de fonctionnement.