Afin de renforcer les SAGE, la loi du 30 décembre 2006 sur l'eau et les milieux aquatiques a introduit dans le code de l’environnement l’article L. 212-5-2 visant à rendre le règlement du SAGE opposable aux tiers. La première version proposée de l'article L. 212-5-2 dans le projet de loi initial disposait que "le règlement et ses documents graphiques sont opposables à toute personne publique ou privée pour l'exécution de toute installation, ouvrage, travaux ou activité soumis à autorisation ou déclaration en application des articles L. 214-2 et L. 214-3". Les débats au parlement en commissions puis en séance publique ont conduit à supprimer les mots "soumis à autorisation ou déclaration" afin que l'opposabilité aux tiers du SAGE s'applique à toutes les installations, ouvrages, travaux et activités visés à l'article 214-2 du code de l'environnement, "y compris les plus petits qui ne relèvent ni d'une autorisation, ni d'une déclaration, afin d'assurer l'effectivité réelle des mesures adoptées par le règlement du SAGE".
Ces éléments permettent de considérer que le SAGE est opposable, dans un rapport de conformité, à tous les projets mentionnés dans la nomenclature IOTA, y compris lorsqu'ils sont en dessous des seuils d'autorisation ou de déclaration.
En résumé les projets qui correspondent à une rubrique IOTA, peu importe les seuils (Autorisation, Déclaration, ou sous seuil D) doivent être conformes au SAGE.