Selon l’article L123-14 du code de l’environnement, pendant l'enquête publique, si le président de la CLE estime nécessaire d'apporter des modifications substantielles au SAGE, le préfet peut, après avoir entendu le commissaire enquêteur ou le président de la commission d'enquête, suspendre l'enquête pendant une durée maximale de six mois. Cette possibilité de suspension ne peut être utilisée qu'une seule fois.
Pendant ce délai, le nouveau SAGE accompagné de l'étude d'impact ou du rapport sur les incidences environnementales intégrant ces modifications, est transmis pour avis à l'autorité environnementale prévue (la MRAe). A l'issue de ce délai et après que le public a été informé des modifications apportées dans les conditions définies à l'article L. 123-10 du présent code, l'enquête est prolongée d'une durée d'au moins trente jours.