Au sein des commissions locales de l'eau, les services de l’État et de ses établissements publics ont vocation à prendre part à l'ensemble des scrutins, au même titre que les représentants des autres collèges. Cependant, lorsqu’un service instructeur de l’État est rédacteur ou pétitionnaire (exemple, une DREAL pour un schéma régional de carrière), il est alors prudent que ce seul service de l’État ne prenne pas part au vote pour éviter tout conflit d’intérêt. Il en est de même pour un membre des autres collèges, le cas échéant.
S'abstenir de voter n'empêche pas de participer aux débats. Les abstentions sont prises en compte dans le décompte des votants (et donc le quorum). Ces modalités de vote (ou de participations aux débats) peuvent être précisées dans le règlement intérieur de la CLE.
Par ailleurs, par analogie avec les dispositions prévues pour les commissions administratives à caractère consultatif (article R. 133-12 du code des relations entre le public et l'administration), il convient que les membres de la CLE ne prennent pas part aux délibérations lorsqu'ils ont un intérêt personnel à l'affaire qui en est l'objet.