Si le SAGE prévoit une règle plus contraignante, la règle de SAGE s'applique en plus de celle du PPRI donc au final la vision la plus contraignante est retenue.
La réglementation ne prévoit pas de manière claire le rapport entre les SAGE et les PGRI. Il convient donc de coordonner au mieux ces deux documents lors de leur élaboration ou leur révision afin d’éviter les contradictions et assurer la lisibilité des règles applicables sur un territoire pour les porteurs de projets. Pour les PGRI et les SDAGE, l’article L.566-7 du code de l'environnement prévoit que : "Pour contribuer à la réalisation des objectifs du plan de gestion des risques d'inondation, des mesures sont identifiées à l'échelon du bassin ou groupement de bassins en synergie avec les objectifs du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux.". Cette notion de "synergie" devrait s'appliquer également aux SAGE et PPRI, elle suppose notamment des échanges en amont entre les acteurs porteurs de ces plans et une articulation des documents (ainsi que d’y penser lors de la révision des documents pour faciliter l’accès à l’information pour les porteurs de projets).