La révision du SAGE Baie de Bourgneuf et marais breton a été décidée par la Commission Locale de l'Eau lors de sa séance plénière du 13 mars 2009. Elle a réellement commencé en juin 2010, avec le lancement d'un audit du SAGE de 2004 dont les conclusions ont été restituées à la CLE en novembre 2010. Le projet de SAGE révisé a ensuite été adopté par la CLE le 8 avril 2013.
78 structures ou assemblées ainsi que l’autorité environnementale (représentée par les deux Préfets de département) ont été consultées pour avis sur le projet de SAGE, entre mai et septembre 2013. Une enquête publique s’est déroulée du 21 octobre 2013 au 22 novembre 2013. L'arrêté interpréfectoral portant approbation du SAGE Baie de Bourgneuf et marais breton a été signé le 16 mai 2014.