Conformément à la Directive 2001/42/CE du 27 juin 2001 relative à l’évaluation des incidences de certains plans et programmes sur l’environnement, qui prévoit la réalisation d’une « étude environnementale » sur l’ensemble des plans et programmes susceptibles d’avoir des « incidences notables » sur l’environnement préalablement à leur adoption, le SAGE doit faire l’objet d’une évaluation environnementale.

Le projet de SAGE doit également faire l’objet d’une évaluation d’incidence sur les habitats et espèces d’intérêt communautaires inscrits au réseau Natura 2000, et ce en application du décret 2010-365 du 9 avril 2010. L’évaluation environnementale peut en tenir lieu si elle comporte tous les éléments requis.