Cette étude s'appuie sur un programme de mesures réalisées en 2012 sur le cours de l'Orain et de ses affluents, la Glantine, la Grozonne, le Bief d'Acle, le Bief Salé, et la Veuge.

Au total 9 stations ont été prélevées en complément des suivis réalisés d'une part par le Conseil Général du Jura sur 2 stations du bassin versant, et d'autre part par l'Agence de l'Eau dans le cadre du réseau de contrôle et de surveillance et du réseau de contrôle opérationnel sur deux autres stations.

Six types d'analyses ont été réalisés :

• la qualité physico-chimique de l'eau (Conductivité, MEST, DBO5, COD, NO3-, NO2-, NH4+, NTK, PO43- et PT) ;


• la chlorophylle a et les phéopigments


• la minéralisation


• la recherche de métaux lourds sur bryophytes


• la qualité biologique par l'inventaire des macro-invertébrés (protocle RCS)


• la qualité biologique par l'inventaire des diatomées (méthode I.B.D.).

Leur interprétation a permis de préciser les états écologiques des masses d'eau du bassin versant au sens de la Directive Cadre Européenne sur l'Eau ainsi que l'évolution de la qualité des eaux superficielles depuis la dernière étude datant de 2003.