Le contenu de l’évaluation des incidences est détaillé dans l’article R.414-23 du code de l’environnement. Cette évaluation des incidences doit comporter :

- Une description du projet (ici le PAGD et règlement du SAGE) accompagnée d’une carte de situation projet / sites NATURA 2000 avec un plan détaillé le cas échéant.
- Une analyse de l’état de conservation des habitats et des espèces pour lesquels le site a été désigné et les objectifs de conservation identifiés dans les documents d’objectifs ou à défaut dans la fiche de site.
- Une analyse montrant si le projet seul ou en conjugaison avec d’autres projets ou programmes a ou non des effets directs ou indirects, temporaires ou permanents sur l’état de conservation des espèces et habitats des sites NATURA 2000.
- Les mesures envisagées le cas échéant pour supprimer les conséquences du projet sur l’état de conservation des espèces et habitats du site NATURA 2000 pendant ou après sa réalisation.
- Dans le cas où malgré les mesures proposées, le projet porterait atteinte aux sites NATURA 2000, les raisons justifiant sa réalisation avec :

-- Absence de solutions alternatives satisfaisantes
-- Raisons impératives d’intérêt public y compris de nature sociale ou économique
-- Mesures envisagées pour compenser les conséquences dommageables et une estimation des dépenses correspondantes.