| Allaine | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Arc | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Arve | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Arve (2ième contrat) | Rhône-Méditerranée | Abandonné |
| Aunelle-Rhônelle-Hogneau | Artois-Picardie | Achevé |
| Bienne | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Chiers | Rhin-Meuse | Achevé |
| Deux Helpes | Artois-Picardie | Achevé |
| Dranses et Est Lémanique | Rhône-Méditerranée | Signé en cours d'exécution |
| Foron du Chablais Genevois | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Gave de Pau | Adour-Garonne | Achevé |
| Gave du Saison | Adour-Garonne | Achevé |
| Guil | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Isère en Tarentaise | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Marque | Artois-Picardie | Achevé |
| Moder | Rhin-Meuse | Achevé |
| Nivelle, Untxin et baie de Saint Jean de Luz | Adour-Garonne | Achevé |
| Nives | Adour-Garonne | Achevé |
| Oise amont | Seine-Normandie | Achevé |
| Pays de Gex - Léman | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Pays de Gex - Léman (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Rade de Toulon (contrat Métropolitain) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Rivières franco-genevoises Aire-Drize-Laire | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Sambre | Artois-Picardie | Achevé |
| Sègre en Cerdagne | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Semois-Semoy | Rhin-Meuse | Achevé |
| Sud Ouest Lémanique (2ème contrat) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Sud Ouest Lémanique (Hermance) | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Tech | Rhône-Méditerranée | Achevé |
| Yser | Artois-Picardie | Achevé |