| Adour amont | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Adour aval | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Agly | Rhône-Méditerranée | Abandon |
| Agout | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Ain aval et affluents | Rhône-Méditerranée | Instruction |
| Aisne Vesle Suippe | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Alagnon | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Allan | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Allier aval | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Arc provençal | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Ardèche | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Argens | Rhône-Méditerranée | Émergence |
| Argoat-Trégor-Goëlo | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Arguenon - Baie de la Fresnaye | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Armançon | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Arroux - Bourbince | Loire-Bretagne | Abandon |
| Arve | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Aube | Seine-Normandie | Non démarré |
| Audomarois | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Aulne | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Aure | Seine-Normandie | Instruction |
| Authie | Artois-Picardie | Élaboration |
| Authion | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Automne | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Auzance Vertonne et cours d'eau côtiers | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Avre | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Baie de Bourgneuf et marais breton | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Baie de Douarnenez | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Baie de Lannion | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Baie de Saint-Brieuc | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Bas Dauphiné Plaine de Valence | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Bas Léon | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Bassée Voulzie | Seine-Normandie | Élaboration |
| Basse vallée de l'Ain | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Basse vallée de l'Aude | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Bassin côtier du Boulonnais | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Bassin ferrifère | Rhin-Meuse | Mis en œuvre |
| Bassin Houiller | Rhin-Meuse | Mis en œuvre |
| Bassins côtiers de la région de Dol de Bretagne | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Bassins Versants des Pyrénées Ariégeoises | Adour-Garonne | Élaboration |
| Bassin versant du Mahury | Guyane | Émergence |
| Bièvre | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Bièvre - Liers - Valloire | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Blavet | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Bourbre | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Boutonne | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Brèche | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Cailly, Aubette, Robec | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Calavon-Coulon | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Camargue gardoise | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Canche | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Célé | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Cèze et petits affluents du Rhône | Rhône-Méditerranée | Instruction |
| Charente | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Cher amont | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Cher aval | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Ciron | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Clain | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Commerce | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Côtiers basques | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Côtiers Ouest du Cotentin | Seine-Normandie | Élaboration |
| Couesnon | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Crau | Rhône-Méditerranée | Instruction |
| Creuse | Loire-Bretagne | Élaboration |
| Croult-Enghien-Vieille Mer | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Delta de l'Aa | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| des 6 Vallées | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Dives | Seine-Normandie | Non démarré |
| Doller | Rhin-Meuse | Mis en œuvre |
| Dordogne amont | Adour-Garonne | Élaboration |
| Dordogne Atlantique | Adour-Garonne | Élaboration |
| Dore | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Douve Taute | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Drac amont | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Drac Romanche | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Drôme | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Dropt | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Durance | Rhône-Méditerranée | Élaboration |
| Eaux souterraines de Gascogne | Adour-Garonne | Instruction |
| Elle - Isole - Laïta | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Elorn | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Escaut | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Est de l'île de la Réunion | Réunion | Mis en œuvre |
| Est Lyonnais | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Estuaire de la Gironde et milieux associés | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Estuaire de la Loire | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Etang de Berre et affluents | Rhône-Méditerranée | Non démarré |
| Etang de Biguglia | Corse | Mis en œuvre |
| Etang de Salses-Leucate | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Etangs littoraux Born et Buch | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Evre Thau Saint-Denis | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Fresquel | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Gapeau | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Gardons | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Gaves | Adour-Garonne | Non démarré |
| Giessen Liepvrette | Rhin-Meuse | Mis en œuvre |
| Golfe du Morbihan et ria d'Etel | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Gravona, Prunelli, golfes d'Ajaccio et de Lava | Corse | Mis en œuvre |
| Haut-Allier | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Haut Doubs, Haute-Loue | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Haute Somme | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Haute Vallée de l'Aude | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Hérault | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Hers Mort Girou | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Huisne | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Ill Nappe Rhin | Rhin-Meuse | Mis en œuvre |
| Isle - Dronne | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Iton | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Lacs médocains | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Largue | Rhin-Meuse | Mis en œuvre |
| Lauch | Rhin-Meuse | Mis en œuvre |
| Lay | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Layon - Aubance - Louets | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Léon-Trégor | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Leyre, cours d'eau côtiers et milieux associés | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Lez | Rhône-Méditerranée | Élaboration |
| Lez, Mosson, Etangs Palavasiens | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Lignon du Velay | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Logne, Boulogne, Ognon et Lac de Grand Lieu | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Loing | Seine-Normandie | Non démarré |
| Loir | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Loire amont | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Loire en Rhône Alpes | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Lot amont | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Lys | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Marne Confluence | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Marne Craie | Seine-Normandie | Non démarré |
| Marne et Beuvronne | Seine-Normandie | Élaboration |
| Marque Deûle | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Mauldre | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Mayenne | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Midouze | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Moder | Rhin-Meuse | Élaboration |
| Nappe Astienne | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Nappe de Beauce et milieux aquatiques associés | Loire-Bretagne, Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Nappe des Grès du Trias Inférieur | Rhin-Meuse, Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Nappe du Breuchin | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Nappe et Basse vallée du Var | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Nappes plio-quaternaires de la plaine du Roussillon | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Nappes profondes de Gironde | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Neste et Rivières de Gascogne | Adour-Garonne | Élaboration |
| Neste-Ourse | Adour-Garonne | Abandon |
| Nives | Adour-Garonne | Non démarré |
| Nonette | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Odet | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Oise-Aronde | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Oise-Moyenne | Seine-Normandie | Élaboration |
| Or | Rhône-Méditerranée | Émergence |
| Orb-Libron | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Orge et Yvette | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Orne amont | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Orne aval et Seulles | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Orne moyenne | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Ouche | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Oudon | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Ouest Cornouaille | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Ouest de l'île de la Réunion | Réunion | Mis en œuvre |
| Ouest Lyonnais (Yzeron-Garon) | Rhône-Méditerranée | Émergence |
| Petit et Grand Morin | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Rance, Frémur, Baie de Beaussais | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Risle et Charentonne | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Rupt de Mad, Esch, Trey | Rhin-Meuse | Élaboration |
| Sambre | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Sarthe amont | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Sarthe aval | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Sauldre | Loire-Bretagne | Élaboration |
| Scarpe amont | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Scarpe aval | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Scorff | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Sée et Côtiers Granvillais | Seine-Normandie | Élaboration |
| Seine estuaire | Seine-Normandie | Non démarré |
| Sélune | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Sensée | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Serein | Seine-Normandie | Non démarré |
| Serre | Seine-Normandie | Non démarré |
| Seudre | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Sèvre Nantaise | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Sèvre Niortaise et Marais Poitevin | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Siagne | Rhône-Méditerranée | Élaboration |
| Sioule | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Somme aval et Cours d'eau côtiers | Artois-Picardie | Mis en œuvre |
| Sud Cornouaille | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Sud de l'île de la Réunion | Réunion | Mis en œuvre |
| Tarn-amont | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Tech-Albères | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Thau | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Thérain | Seine-Normandie | Élaboration |
| Thouet | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Thur | Rhin-Meuse | Abandon |
| Tille | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Val Dhuy Loiret | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Vallée de la Bresle | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Vallée de la Garonne | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Vendée | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Verdon | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Vézère-Corrèze | Adour-Garonne | Élaboration |
| Viaur | Adour-Garonne | Mis en œuvre |
| Vie et Jaunay | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Vienne | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Vienne Tourangelle | Loire-Bretagne | Élaboration |
| Vilaine | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Vire | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Vistre - Nappes Vistrenque et Costières | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Vouge | Rhône-Méditerranée | Mis en œuvre |
| Yères | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Yerres | Seine-Normandie | Mis en œuvre |
| Yèvre Auron | Loire-Bretagne | Mis en œuvre |
| Yser | Artois-Picardie | Mis en œuvre |